1939

Kokemäen siilosto valmistuu. Kokemäen alue on viljantuotantoalueen keskeinen sijainti. Kokemäestä tulee myöhemmin 60-luvulla myös merkittävä siemenen varastointi- ja kunnostuspaikka.

Toinen maailmansota syttyy. Liverpoolin viljapörssi sulkeutuu ja lännestä on vaikeaa saada viljaa.

Viljavarasto sopii Neuvostoliiton ulkomaankaupasta vastaavan valtioelimen Exportkhlebin kanssa viljatoimituksista.

Kriisiajan säännöstelystä vastaava kansanhuoltoministeriö perustetaan.

Neuvostoliitto hyökkää Suomeen ja Viljavarasto aloittaa karjalaisviljan evakuoinnin mm. Seinäjoen ja Turengin varastoille.

1939 – 1945

Suomessa käytyjen sotien aikaan Valtion viljavaraston henkilökunta moninkertaistuu ja se toimi kansanhuoltoministeriön alaisuudessa hoitaen yksinoikeudella Suomen viljan tuonnin ja jakelusäännöstelyn.

Sotavuosina myös Valtion Viljavaraston rooli muuttui ratkaisevasti laajemmaksi kuin ennen sotaa. Varmuusvarastoinnista tuli sota-aikana Viljavaraston tehtävä ja laitoksen toiminta laajeni siemenalalle.

Viljantuonnin säätelyä oli harjoitettu jo ennen sotaa mutta tuontitarpeen määrittely ja koko tuontikauppa olivat sota- ja säännöstelyajan seurauksen siirtyneet Viljavaraston vastuulle.